Além de seus projetos de manejo florestal, a CEMEX participou até dezembro de 2003, através de sua co-ligada Agropecuária Treviso, de um projeto do Governo Brasileiro na Floresta Nacional do Rio Tapajós – que teve o apoio e acompanhamento de vários órgãos, ONGs e entidades científicas -- regulamentado por lei que obriga a quem utilizar, transformar ou consumir matéria-prima florestal em tal área a replantar as mesmas espécies retiradas. Neste local, uma área pública, a empresa ganhou licitação para manejar 3.400 hectares, de um total de 600.000 hectares. Foi a primeira vez no país que tal concessão foi fornecida a empresas privadas.

As Florestas Nacionais (FLONAS), segundo definição do IBAMA, “são áreas estabelecidas com o objetivo de: promover o manejo dos recursos naturais com ênfase na produção de madeira e outros produtos vegetais; garantir a proteção dos recursos hídricos, das belezas cênicas e dos sítios históricos e arqueológicos; assim como fomentar o desenvolvimento da pesquisa científica básica e aplicada, da educação ambiental e das atividades de recreação, lazer e turismo”. Para a implementação deste projeto, foram realizados “inventários florestais, estudos de viabilidade técnica, econômica e ecológica para exploração, manejo, mapeamento, pesquisas florestais, estudos tecnológicos de madeira e produtos não madeireiros, banco de dados e levantamento sócio-econômico das comunidades existentes na área da FLONA”. Até mesmo um estudo climático utilizando tecnologia da NASA foi realizado. O IBAMA também contou com a cooperação técnica do Forest Service U.S.A., o órgão responsável pelas florestas dos Estados Unidos, além do INPE, FUNATURA, EMBRAPA, FAO, ITTO, G7 e FCAP.